40 ans de biologie au service de l’Histoire

Les Grandes Découvertes, chapitre 1 : les spectaculaires avancées génétiques1. Le séquençage du génome humainDu séquençage de l'ADN découvert en 1977 au défi des années 2000 : un effort international complexe comparé aux 1ers pas sur la LuneDes évolutions grâce aux méthodes fluorescentesLe record de séquençage L’amélioration de la qualité du séquençage des séquences complexesAvec Pascal Barbry – Directeur de Recherche au CNRS à Nice, chef de l'équipe Physiologie Génomique, IPMC – et Francis Rousseau – Chef de laboratoire au Centre National de Génomique Humaine (CNRGH) du CEA à Evry.2. La révolution CRISPR-Cas9Rapide description de cette technique récompensée par le Nobel de chimie en 2020Illustrations d’applications concrètes en médecine : traitements de la drépanocytose, tests sur la cécité infantile, myopathie de Duchenne, modèles de maladies sur les animaux, etc.Illustrations d’applications concrètes dans l’agronomie : nouvelles variétés de plantes, amélioration des rendements, résistance aux conditions climatiques, etc.Potentiel correctif pour les maladies monogéniques et défis pour les maladies polygéniques (Alzheimer, Parkinson).Avec Marie-Christine Birling – Ingénieure de Recherche, chef du service ingénierie génétique et édition du génome, coresponsable du département InGen – et Valérie Prouzet-Moléon – Biologiste moléculaire, ingénieure de Recherche à l'université de Bordeaux - Plateforme CRISP'edit

Chapitre 2 : la découverte et l’exploration du microbiomeComment le séquençage NGS a transformé la compréhension du microbiomeAu-delà de la digestion : son impact sur la physiologie et les pathologiesCorrelation entre microbiome et maladies (chroniques, mentales, immunitaires).Importance et impacts du microbiome intestinal sur le glucose, les lipides, la chromatine ou encore l’expression génétique.La transplantation de Microbiote Fécale (FMT) pour traiter des microbiotes disbiotiquesSon efficacité inégalée sur certaines infections (l’exemple dingue de la bactérie Clostridioides difficileae : 95% de succès avec FMT contre 30% avec des antibiotiques)Avec Hervé Blottière – Directeur de Recherche Inrae à Nantes, directeur scientifique à Métagénopolis à Jouy-en-Josas – et Matteo Serino – Chargé de Recherche à l'Inserm, à l'institut de recherche en santé digestive à l'hôpital de Purpan à Toulouse.

Chapitre 3 : l’exploration du potentiel des cellules souchesDes avancées majeures grâce à la cytométrie en fluxHétérogénéité phénotypique, génétique, épigénétique, et métabolique.Applications en cancérologie – cibler les cellules souches cancéreuses et régénérer les cellules souches normales et en médecine régénérative (exemple : régénération de cellules rétiniennesLa révolution du Single CellAvec Jean-Emmanuel Sarry – Directeur de Recherche à l’Inserm Toulouse.

Chapitre 4 : L’apport et les défis de la bio-informatique et de l’analyse des donnéesDe données biologiques produites plus facilement grâce aux avancées technologiquesImportance de la bio-informatique pour l'analyse des génomes.Communication et collaboration nécessaire entre biologistes et bio-informaticiens.Rôle croissant des jeunes chercheurs spécialisés en bio-informatique.Attention au risque de standardisation excessive dans l'analyse des données.Introduction de l’IA et la bio-informatique = complexité accrue ou accélération des découvertes ?Avec Pascal Barbry – Directeur de Recherche au CNRS à Nice, chef de l'équipe Physiologie Génomique, IPMC , Francis Rousseau  – Chef de laboratoire au Centre National de Génomique Humaine (CNRGH) du CEA à Evry – et Jean-Emmanuel Sarry – Directeur de Recherche à l’Inserm Toulouse.

Chapitre 1 – Les avancées en transfectionTechniques chimiques et physiques de transfection dans les années 80 et 90.Comment le polyéthylèneimine a révolutionné la transfectionUtilisation pour la thérapie génique et les virus modifiésAvec Julien Dépollier – Ancien Directeur des Vente Amériques de Polyplus Transfection.

Chapitre 2 – NGS, la révolution du séquençageUtilisation rapide et efficace du NGS pour identifier les mutations génétiques.Améliorations dans le diagnostic et traitement des maladies infectieuses.Importance du NGS lors de la pandémie de Covid-19.Exemples historiques : génome de Néandertal et découverte de l’Homme de Denisova à partir d'une phalange humaine de 41.000 ans.Avec Pascal Barbry – Directeur de Recherche au CNRS à Nice, chef de l'équipe Physiologie Génomique, IPMC – et Francis Rousseau – Chef de laboratoire au Centre National de Génomique Humaine (CNRGH) du CEA à Evry.